Patinkin sinh ra ở Mandel Bruce Patinkin, Chicago, Illinois vào ngày 30 tháng 11 năm 1952, con trai của Doris "Doralee" (née Sinton, 1925-2014), một người nội trợ, và Lester Patinkin (1919-1972), người điều hành hai nhà máy kim loại lớn ở Chicago tại Mỹ, Công ty Sắt và Kim loại Nhân dân và Tập đoàn phế liệu Hoa Kỳ.[3][4][5] Mẹ của ông đã viết cuốn sách Grandma Doralee Patinkin's Jewish Family Cookbook.[3] Những người anh họ của Patinkin bao gồm Mark Patinkin, một tác giả và là nhà bình luận cho The Providence Journal; Sheldon Patinkin of Columbia College Chicago's Theater Department, một người sáng lập của The Second City;[6] và Bonnie Miller Rubin, phóng viên Chicago Tribune.

Patinkin lớn lên trong một gia đình tầng lớp thượng lưu, gốc gác từ những người nhập cư Do Thái (từ Nga và Ba Lan), và được nuôi dạy theo Đạo Do Thái Giáo Bảo thủ,[2][7][8] tham gia các trường tôn giáo hàng ngày "từ 7 đến 13 hoặc 14 tuổi" và hát trong các dàn hợp xướng nhà thờ, cũng như tham dự Trại Surah ở Michigan.[2]

Ông theo học trường trung học South Shore, Trường Harvard St. George, và Trường trung học Kenwood (sau này đổi tên thành Học viện Kenwood), và tốt nghiệp năm 1970.[9] Ông theo học Đại học Kansas và Trường Juilliard (Drama Division Group 5: 1972–1976).[10] Tại Juilliard, ông ta là bạn cùng lớp của Kelsey Grammer. Khi các nhà sản xuất của sitcom Cheers nổi tiếng của Hoa Kỳ đã tổ chức buổi thử giọng cho vai diễn của Tiến sĩ Frasier Crane, Patinkin đặt tên của Grammer lên trên.[11]